10 января 1797 года Иосиф Михайлович де Рибас отстранен от должности и отозван в Петербург. Также распущена «Комиссия строения южных крепостей и Одесского порта». В 1796 году титул первого строителя Одессы звучал так: «Вице-адмирал, командующий Черноморским гребным флотом, над строением города Одессы и порта главный начальник, Черноморского гренадерского корпуса шеф, кавалер орденов Святого Александра Невского, Святого Георгия, Святого Владимира второй степени и державного ордена Святого Иоанна Иерусалимского».

Впрочем, в период начальствования де Рибаса, несмотря на значительные ассигнования правительства в постройку такого важного объекта, как порт, дело шло крайне медленно. В 1795 из ассигнованных 712 000 рублей потрачено фактически только 87 579, и даже в 1799 году Одесский порт существовал более на бумаге, чем в действительности.

Отметим, что строительство оборонительной линии началось летом 1793 года. Для охраны новой русско-турецкой границы, пролегавшей по Днестру, было решено построить Днестровскую оборонительную линию и держать де Рибасову гребную флотилию, так хорошо зарекомендовавшую себя в войне на Дунае, в постоянной готовности. Россия также желала основать во вновь приобретённых землях порт — военный и купеческий (для развития торговли). Общее наблюдение за её постройкой было поручено Суворову, а за постройкой Хаджибейской крепости — де Рибасу. Крепости строил брабантский инженер де Волан, служивший главным военным инженером в армии Суворова. Хаджибейскую крепость начали возводить 10 июня 1793 года.

При выборе места базирования гребной флотилии руководствовались тем, что держать её в одном из Днепровских портов было бы слишком далеко от театра возможных военных действий. Поиски удобного и безопасного места стоянки для неё были поручены летом этого же года де Рибасу и инженерам де Волану и Андрею Шостаку. Выяснилось, что более удобного рейда, чем Хаджибейский залив, на всём побережье от Днепра до Днестра не найти, о чём де Рибас и представил доклад Екатеринославскому и Таврическому генерал-губернатору князю Зубову (который благоволил к де Рибасу), вместе с ходатайством о построении города и порта на месте Хаджибея и планы обоих, составленные де Воланом. Причём планам де Рибаса пришлось вступить в конфликт с планами вице-адмирала Мордвинова, который ходатайствовал об устроении порта, но в районе Очакова. Пребывая всю зиму при дворе в Петербурге, де Рибас деятельно занимался продвижением своего хаджибейского проекта, и в конце концов ему удалось убедить Екатерину. Был утверждён его проект основания порта и города, но в лице Мордвинова де Рибас приобрёл себе сильного недоброжелателя.

Такие обстоятельства сопровождали рождение города и порта Хаджибея, который в самом начале 1795 года был переименован в Одессу.

2 сентября 1793 года де Рибас произведён в вице-адмиралы. В первых числах мая 1794 в Хаджибей начали прибывать полки для гребного флота. 27 мая 1794 года последовали рескрипты Екатерины II об устроении Хаджибея — де Рибас назначался главным устроителем порта и города. В июне этого же года де Рибас был назначен и армейским начальником — шефом расквартированного в Хаджибее Черноморского гренадёрского корпуса, то есть стал одновременно флотским, армейским и гражданским начальником в Хаджибее. Основание нового города было торжественно отмечено 22 августа 1794 года закладкой фундаментов главных зданий.

Де Рибас усердно занимался строительством вверенных ему порта и города, которое велось во многом силами его гребной флотилии. К концу 1795 года многие важные работы были приведены к окончанию. Была, в основном, закончена крепость (императорский штандарт был поднят 22 сентября 1795 года), построена верфь, малый жете.